La trama argumental del filme se inscribe en la tradición de los cuentos infantiles de más antigua raíz: un vendedor olvida su flauta en el castillo del Rey. El instrumento tiene seis agujeros y un poder especial, el de que todo aquel que escucha su música se pone a bailar inevitablemente. El malvado Torchesac, que está al servicio del siniestro señor de la Mortaille, consigue apoderarse de la flauta y con sus poderes fantásticos asalta aldea tras aldea para intentar apoderarse del reino. Johan y Pirlouit, ayudados por el mago Homnibus, viajan hipnotizados al país de los pitufos, únicos fabricantes de esas flautas-canuto. Los servidores del rey vuelven del viaje con la nueva flauta y, tras descubrir a Torchesac, se enzarzan en un duelo musical y épico en que, naturalmente, gana el triunfador.