Comienzo de la saga de los X-Men, esta es una historia secreta que alude a conocidos acontecimientos mundiales. Antes de que los mutantes se mostraran al mundo, y antes de que cambiaran sus nombres por los de Profesor X y Magneto, Charles Xavier (James McAvoy) y Erik Lehnsherr (Michael Fassbender) eran dos jóvenes que descubrían sus poderes. No había animadversión alguna entre ellos, sino que les unía una sincera amistad y la decisión de acabar con el trabajar juntos y entrenar a un grupo de jóvenes mutantes para evitar el Armagedón nuclear. Su enemigo común: el malvado Sebastian Shaw (Kevin Bacon), un humano con poderes con el que Erik tiene una cuenta pendiente..